Su primer puesto musical conocido fue como maestro de capilla en la iglesia colegiada en Berlanga de Duero (Soria); en 1680 solicitó sin éxito una posición similar en la Catedral de Palencia, pero  el 26 de febrero de 1682 se convirtió en maestro de capilla en la Catedral de Avila. En septiembre de 1684 consiguió permiso para ser transferido a la catedral de Segovia, luego de la muerte de Miguel de Irízar; más tarde fue despedido por ‘palabras airadas' con un canónigo en el curso de una procesión. El 1 de enero de 1687 llegó a ser maestro de capilla del Monasterio de la Encarnación, Madrid. Según Barbieri actuó como notario para la Inquisición de Toledo en 1688, y desde 1691 a 1706 fue maestro de capilla en las Descalzas Reales.

El 5 de noviembre de 1706 Bonet sucedió a Pedro Ardanaz como maestro de capilla en la Catedral de Toledo, donde permaneció hasta su muerte.

En 1694 Bonet de Paredes estuvo envuelto en una disputa sobre un fragmento de una composición del entonces maestro de la Capilla Real, Sebastián Durón, en la que él resolvió una nota sostenida, causando una serie de disonancias. Bonet, subscribiendo al ala conservadora, no apoyó la posición de Durón.

La mayoría de las obras de Bonet están en los archivos de las catedrales de Segovia, Segorbe, Burgos, Cuenca y Salamanca, y en los monasterios de El Escorial, Guadalupe y Santa Ana de Ávila. Escribía a menudo para dos coros, aunque hay también composiciones para un solo coro de cuatro voces. Un pequeño número de piezas (tonos, solos, dúos o cuartetos) son para uno o más solistas. Su música generalmente cae dentro del viejo estilo poli coral barroco, con bajo continuo. En villancicos como "Clarísimas luces" usa dos coros que, por el uso de alternancia, proporciona la base del discurso musical, considerando que en los villancicos "Ah de la selva" y "Si arrepentida vuelas" recurre al contraste entre el solo y el resto del coro. Desde un punto de vista formal estos villancicos consisten en estribillo-copla, una estructura heredada del siglo XVI, que indica el total conservatismo de Bonet.

Aunque sus obras muestran un dominio notable del contrapunto y gran habilidad en la construcción, el hecho de que no se tomara libertades o uso de armonías intrépidas priva su trabajo de una cierta frescura.